A unos 150 Km al noroeste de Bogotá, en las riberas del Rio Magdalena y Rio Guali vivían diversas poblaciones indígenas como los panches, tolaimas, mariquitanes o marequitas (en lengua Falense), gualies, bocanemes y guarinoes de la tribu pantágora y descendientes de la raza Pijao.

En los flancos de la cordillera Central, específicamente en la rivera de los Rios Lagunilla y Sabandija es una zona de tierras muy fértiles, apta para la agricultura, además de ser uno de los lugares mas ricos en mineral argéntico (Plata). Es así que fueron justamente las noticias que llegaron a la recién fundada Audiencia de Santa Fe (1538) lo que trajo el interés colonizador de los Españoles.

Estas tierras fueron descubiertas por Baltazar Maldonado en 1539 y fueron asignadas al cacique Malchita o Marquetá.

Cuando los españoles llegaron a la zona, los panches mantenían relaciones hostiles con los muiscas del altiplano cundiboyacense y, así mismo, opusieron una fuerte resistencia a la dominación española. Para los españoles, sin embargo, era urgente su sometimiento, con el fin de utilizar su fuerza de trabajo en las minas de plata. Finalmente, la guerra continua, las enfermedades y los trabajos forzados en las minas terminaron desestructurando estas sociedades.

Según los españoles, los Panches que era un grupo de pueblos indígenas que habitaban las riberas del Rio Magdalena (en lo que actualmente son los departamentos del Tolima y Cundimarca) se les atribuía rasgos considerados altamente barbáricos, como la ausencia de una autoridad fija y centralizada, el uso de flechas envenenadas como principal arma y la práctica del canibalismo. Si bien es cierto, estas descripciones reflejan más los prejuicios de los españoles que las características sociales de los habitantes nativos. Lo que sí podemos afirmar, gracias a las investigaciones arqueológicas, es que se trataba de un conjunto de pueblos políticamente independientes que establecían alianzas militares temporales de acuerdo con las necesidades, que aprovechaban los abundantes recursos hídricos y que compartían ciertos rasgos culturales.

Los españoles fueron fundando diversas poblaciones a los que llamaron Los Marquetones, su nombre mezcló el santoral católico y el nombre del Cacique o del grupo indígena que allí habitaba.

Entusiasmados por el mineral de la zona originó el exterminio indígena y que conllevó a la consolidación de una ciudad que focalice las esperanzas de riqueza de particulares y de la administración colonial durante tres siglos de dominio español.

A 3 tres leguas de su asiento actual, en las faldas de la cordillera, en la región conocida hoy con el nombre de La Parroquia, cerca a las tierras que habitaban los Indios Gualíes, el Capitán Francisco Nuñez Pedroso pidió licencia para fundar una ciudad en ese lugar, por lo que fue concedido y se funda el pueblo de San Sebastián (en donde solía encomendarse los heridos de flechas envenenadas) el 28 de agosto de 1551.

Se dice que los aborígenes del lugar producen un incendio y obligan a los españoles a salir hacia el rio Guali (afluente del Nevado del Ruiz y reposan sus aguas en Honda en el Rio Magdalena). El fundador vio que el poblado se hallaría mejor en la llanura y el 8 de enero(noviembre) de 1553 hace que se trasladen hacia el sector hoy conocido como Mariquita.

En vista de los fuertes que eran los Indígenas, llega el Mariscal Jiménez de Quesada para ayudar a Núñez Pedrozo para la emancipación de los mismos, al ver que todo era monte, enviaron una carta al rey para poder transportar una imagen, aquella que sería su santo, el cual se encomendaron en medio de su camino, siendo así, la creación del Diocesano o más conocido como “Cristo de los Caminantes”, gracias a las creencias católicas que vienen del conducto Español.

El santuario del señor de la Ermita, es hablar del Cristo Milagroso de la Ermita y de Miguel de Cervantes Saavedra. El Mariscal Gonzalo Jiménez de Quesada, hace la petición cuando vino en ayuda al fundador de Mariquita, hace la llegada y se dan cuenta que no había en aquella zona selvática a quién encomendarse a la vera del camino, siendo aquí donde se resalta que nuestra religión católica proviene de los Españoles.

Fue en este lugar donde murió el Adelantado Gonzalo Jiménez de Quesada, cuyos restos del conquistador se guardaron por un tiempo en la Iglesia del Convento de Santo Domingo, y que finalmente fueron trasladados a Bogotá.

Fue cuna de Francisco Antonio Moreno y Escandón, autor de la reforma educativa más importante de la época en la Nueva Granada.

A uno de los vastos Caserones de Mariquita, vecino de la Ermita, se le llamó casa de la Moneda. En su interior se fundía el oro extraído de las minas de la región para convertirlo en lingotes que iban a España.

Su esplendor económico en la época colonial estuvo aparejado con el conocimiento, allí se dieron cita los más prestigiosos científicos de la época: José Celestino Mutis (La Expedición Botánica, dirigida por él, duró desde 1783 hasta 1791) y Humboldt, quién durante su paso por el poblado visitó las minas de Santana.

Su clima la hizo predilecta como lugar de veraneo de los Virreyes, quienes establecieron una casa de recreo, conocida como Casa de los Virreyes.

En 1812 la Provincia de Mariquita se declaró independiente y José León Armero fue nombrado presidente de la nueva república hasta el 1815 que tuvo como capital a Honda, en 1824 la provincia se dividió en los cantones de Honda, Mariquita, Ibagué y La Palma. Su gobernador presidente fue José León Armero, quien sancionó la Constitución de la República de Mariquita, adoptada por la Asamblea Constituyente.

Tras el declinar de las minas de oro y plata perdió importancia comercial, que comenzó a recobrar luego de la catástrofe de su municipio vecino Armero.

Uno de los grandes atractivos de esta ciudad blasonada, al decir del abogado y periodista Guillermo Pérez Flórez, fue el Cable aéreo que la unía con la ciudad de Manizales.

Algunos dicen que este pueblo surgió con el nombre de San Sebastián del Oro, pero Fray Pedro Simón apunta que su nombre de fundación fue San Sebastián, y que hallándose establecida en tierra del cacique Marquetá, a cuyos indios apellidaron Marquitanes, por “vocablo corrupto” fueron llamando a la ciudad Mariquita, quedándose finalmente con ese nombre. Otros dicen que se llamó Mariquita porque fue una de las Indias que llevó Gonzalo Jiménez de Quesada ante su servidumbre, cuando fue a fundar por segunda vez la ciudad.