Su construcción se inicia en 1553 y necesitó 100 años para su culminación. En el frontis se observa esculpida en piedra en alto relieve la mitra pontificia, dos llaves entrelazadas del portón celestial que simbolizan el ingreso al cielo o al infierno y dos flores de lis. Allí el padre Mutis oficio su primera misa en 1783. La torre conserva los relojes de técnica americana, ensamblados en Medellín en 1915.

En la base de la torre del campanario se encuentra expuesta la estatua yacente de Don Gonzalo Jiménez de Quesada, quien vivió y murió en esta ciudad el 16 de Febrero de 1.579. Aquí estuvieron sus restos por algunos años, hasta ser trasladados a Santafé de Bogotá y de allí a su natal España. Esta estatua es una fiel replica de la que se encuentra en la Catedral Primada de Colombia en la ciudad de Bogotá.